Andalusia, 1573. Il famigerato Vascello Nero, la nave usata dai gesuiti per le loro missioni segrete, getta l'ancora nottetempo per far sbarcare una donna rapita in Perù... Madrid, 1780. Sebastiàn de Fonseca è sconvolto dalla morte del padre, strangolato poco dopo aver concluso la stesura di una commedia incentrata sui leggendari tesori del popolo inca. Che ci sia del vero in quella che a prima vista sembra solo un'opera di fantasia? I sospetti del giovane vengono presto confermati da Umina, una meticcia che sostiene di discendere da Tùpac Amaru, l'ultimo imperatore inca. Secondo la ragazza, infatti, la commedia s'ispira a un testo redatto due secoli prima da un interprete di quipu, il metodo di scrittura inca basato sull'intreccio di corde e nodi. Deciso a far luce sulla vicenda, Sebastiàn s'imbarca per il Perù, ma la verità appare sempre più sfuggente: perché l'autore del manoscritto ha aiutato gli indios contro i suoi compatrioti spagnoli? Perché il destino della sorella di Tùpac Amaru sembra legato a quello di un sacerdote gesuita che si chiama Fonseca, proprio come Sebastiàn? Solo trovando la città perduta di Vilcabamba il giovane potrà scoprire il segreto della sua famiglia, un segreto inestricabilmente legato ai misteriosi viaggi del Vascello Nero...)