Il professor Agasa ha regalato dei biglietti per il cinema ai Detective Boys, che decidono di andare a vedere un film di mostri. Durante la proiezione, però, un'ombra sinistra ondeggia sul grande schermo. Chi è stato ucciso, e perché?! Sarà poi la volta di una nuova avventura sul mare della coppia Conan-Hattori e, per finire, vedremo gli agenti Takagi e Sato coinvolgere i Detective Boys, un po' contro le regole, nella ricerca della verità su un sospettato omicida che si proclama innocente.

Shinichi Kudo è un giovane e talentuoso detective. Il giorno in cui sorprende una banda di loschi criminali vestiti di nero, comincia per lui una nuova era... Costretto da uno di loro a ingoiare una pillola letale, il ragazzo riesce miracolosamente a sopravvivere ma si ritrova di punto in bianco "rimpicciolito": la pillola ha infatti indotto le sue cellule ad autoridursi, facendolo tornare un bambino di sette anni, ma lasciando il suo cervello inalterato! Così il mini-investigatore, determinato a dare la caccia alla misteriosa organizzazione degli "uomini in nero", assume l'identità di Conan Edogawa...