Che gli Uomini in Nero abbiano scoperto la vera identità di Conan?! Dopo essere riuscito a sfuggire alle grinfie dei due criminali che hanno provato a rapirlo (una donna che si era spacciata per sua madre e un uomo che indossa una maschera), Conan ingaggia una lotta contro il tempo per sventare un omicidio e recuperare il misterioso farmaco che l'ha fatto rimpicciolire. L'uomo mascherato con cui ha a che fare, tuttavia, si rivela essere un osso più duro del previsto!

Shinichi Kudo è un giovane e talentuoso detective. Il giorno in cui sorprende una banda di loschi criminali vestiti di nero, comincia per lui una nuova era... Costretto da uno di loro a ingoiare una pillola letale, il ragazzo riesce miracolosamente a sopravvivere ma si ritrova di punto in bianco "rimpicciolito": la pillola ha infatti indotto le sue cellule ad autoridursi, facendolo tornare un bambino di sette anni, ma lasciando il suo cervello inalterato! Così il mini-investigatore, determinato a dare la caccia alla misteriosa organizzazione degli "uomini in nero", assume l'identità di Conan Edogawa...