Attirato da una misteriosa lettera di invito, Conan si reca su un'isola sperduta, finendo coinvolto in una serie di omicidi accompagnati da una musica di pianoforte. Ma il piccolo detective non fa in tempo a risolvere il caso che viene raggiunto da Ran... Placare l'ira della ragazza, questa volta, sarà una bella impresa!

Shinichi Kudo è un giovane e talentuoso detective. Il giorno in cui sorprende una banda di loschi criminali vestiti di nero, comincia per lui una nuova era... Costretto da uno di loro a ingoiare una pillola letale, il ragazzo riesce miracolosamente a sopravvivere ma si ritrova di punto in bianco "rimpicciolito": la pillola ha infatti indotto le sue cellule ad autoridursi, facendolo tornare un bambino di sette anni, ma lasciando il suo cervello inalterato! Così il mini-investigatore, determinato a dare la caccia alla misteriosa organizzazione degli "uomini in nero", assume l'identità di Conan Edogawa...