Si apre una nuova sfida per il club dei Giovani Detective, indaffarato nella ricerca di un tesoro che pare sia nascosto nella casa abbandonata di un parente del professor Agasa. Qualcuno, però, è in agguato e aspetta solo che i ragazzini risolvano l'enigma. Conan si troverà poi a sfiorare un membro di quella misteriosa organizzazione di uomini in nero che sta cercando da tempo, ma proprio quando comincia a pedinare il losco individuo...

Shinichi Kudo è un giovane e talentuoso detective. Il giorno in cui sorprende una banda di loschi criminali vestiti di nero, comincia per lui una nuova era... Costretto da uno di loro a ingoiare una pillola letale, il ragazzo riesce miracolosamente a sopravvivere ma si ritrova di punto in bianco "rimpicciolito": la pillola ha infatti indotto le sue cellule ad autoridursi, facendolo tornare un bambino di sette anni, ma lasciando il suo cervello inalterato! Così il mini-investigatore, determinato a dare la caccia alla misteriosa organizzazione degli "uomini in nero", assume l'identità di Conan Edogawa...