Per sfuggire alla fazione che trama per assassinarlo, lo Shogun fugge furtivamente da Edo. Malgrado la sua scorta faccia ricorso a numerose controfigure nel tentativo di depistare i nemici, sarà proprio un ninja che sembrava stare dalla loro parte a puntare la spada contro lo Shogun. Nel frattempo, i membri dell'Agenzia Tuttofare si occupano di gestire la forgiatura di nuove spade durante l'assenza della titolare del negozio, e si assiste a una grande manifestazione sportiva alla quale partecipano anche gli spiriti guardiani...
Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai...)