Gintoki e Takasugi, spinti dal ricordo del loro defunto maestro, si sfidano in un duello mortale, ma proprio quando sta per chiarirsi l'esito dello scontro una lancia viene scagliata! L'intricato scenario delineatosi durante il piano per assassinare sua altezza Shigeshige viene improvvisamente stravolto dall'apparizione di un nuovo gruppo, mentre la fazione dello Shogun viene messa alle strette dall'armata degli Yato...
Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai...)