Apogeo nasce nel 1989 come casa editrice specializzata nella manualistica informatica.
Il nome, scelto dai fondatori Ivo Quartiroli, Mauro Risani e Moreno Confalone, indica sia il punto in cui si viene a trovare un corpo quando tracciando un'orbita raggiunge la massima distanza della Terra, sia l'apice, il livello massimo di un'impresa umana. La prima sede era un appartamento di due stanze in via Voghera a Milano. Nel 1994 Apogeo pubblica il primo libro su Internet uscito in Italia, Nel cyberspazio con Internet, e nello stesso anno nasce la collana "Urra", dedicata ad argomenti di medicina, psicologia, meditazione, pratiche spirituali. Il primo volume si intitola: Tatuaggi Corpo Spirito. Nel 2000 Apogeo inizia l'avventura dell'ebook, e nasce Apogeo Education, marchio dedicato al mondo universitario. Nel 2001 entra a far parte del Gruppo Giangiacomo Feltrinelli Editore e nasce la collana "Apogeo Saggi". Viene inaugurata nel 2004 la collana "Pratiche Filosofiche", curata dall'antropologo e filosofo della storia Umberto Galimberti. Nel maggio del 2007 entra nel gruppo anche Kowalski Editore, diventando una nuovo marchio editoriale di Apogeo. La produzione si è arricchita ulteriormente con la nascita delle collane "Narrativa", "Varia", "Comici".