La Fondazione Aquileia è stata istituita nel 2008 in seguito all'accordo tra il Ministero dei Beni e delle Attività Culturali e del Turismo e la Regione Autonoma Friuli Venezia Giulia. Oltre al Ministero e alla Regione, i soci sono la Provincia di Udine, il Comune di Aquileia e l'Arcidiocesi di Gorizia. La Fondazione si occupa della valorizzazione del sito archeologico di Aquileia, iscritto dal 1998 nella World Heritage List dell'UNESCO, programma e pianifica gli interventi di ricerca e di conservazione nelle aree archeologiche conferitele dal Ministero, con l'obiettivo di istituire un parco archeologico integrato con il tessuto urbano attuale. Nel 2018 il Ministero e la Regione hanno rinnovato per altri dieci anni l'accordo istitutivo della Fondazione, conferendole il Museo Archeologico Nazionale, il Museo Paleocristiano e le rimanenti aree archeologiche di Aquileia. La Fondazione promuove, inoltre, la conoscenza dell'antica città con numerose iniziative, tra le quali le mostre organizzate in collaborazione con il Museo Archeologico Nazionale, l'Aquileia Film Festival, conferenze ed altri eventi di carattere culturale. La Fondazione Aquileia ha vinto nel 2015 il premio dell'Unione Europea per il Patrimonio Culturale/Europa Nostra Awards nella categoria «Conservazione» e nello stesso anno è stata insignita della Targa dell'Eccellenza per la Cultura dalla Camera di Commercio, Industria, Artigianato, Agricoltura di Udine mentre nel 2016 ha ottenuto, sempre per la valorizzazione dei mosaici dell'Aula Meridionale del Battistero, il Premio speciale della Triennale di Milano per il miglior Progetto di Committenza Pubblica.)