A causa del tradimento da parte degli Harusame, il Kiheitai e la settima divisione si cacciano nei guai, mentre Takasugi e Kamui risultano dispersi. Dal canto suo, Utsuro cerca di impadronirsi anche del potere dei pirati spaziali. Gli ex allievi del maestro divenuto ormai l'essere più pericoloso dell'universo cominciano a radunarsi per affrontarlo, oltre che per recuperare un vecchio compagno...
Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo che, con un gruppo di amici, cerca di tirare avanti senza rinnegare i principi del vero samurai!)